通关一周目后，咱们在家门口就能开启二周目剧情。大木博士会主动找上门，如果图鉴已收集超过60种宝可梦，他会帮你升级到全国图鉴模式。接着需要去挑战四天王，但会发现冰系天王科拿外出旅游了，这时候就得前往枯叶市码头乘船前往一岛继续冒险。
在一岛的精灵中心会遇到之前修理机器的NPC，得知需要红宝石修复设备。咱们得重返灯火山，在右侧洞穴附近击败两个火箭队残党，顺便获取密码线索。进入洞穴深处找到红宝石后，带回给NPC就能获得彩虹通行证，解锁七岛之间的自由穿梭权限。
拿到通行证后，记得先去五岛和六岛完成关键任务。五岛的火箭队仓库需要密码才能进入，而密码藏在六岛一个需要居合斩开门的洞穴里。按顺序走左上、右下路线找到蓝宝石时，会被NPC抢走并留下仓库密码。返回五岛输入密码进入仓库，击败守卫夺回蓝宝石，再交给一岛的NPC就能修复通信设备。
七岛是二周目的终极挑战区，训练师塔里的对手强度很高，建议提前练好队伍。岛上还有隐藏的传说宝可梦等待捕捉，比如无人发电厂的闪电鸟、双子岛的急冻鸟，以及华蓝洞窟里70级的超梦。记得带上碎岩和冲浪技能，这些地形障碍会频繁出现。
完成七岛任务后回到关都地区，会发现华蓝市原本挡路的NPC消失了，可以进入洞窟挑战隐藏关卡。二周目没有严格意义上的结局，但收集全国图鉴和挑战强化版训练师会带来持续乐趣。记得多和NPC对话，有些支线会赠送稀有道具或宝可梦蛋。
