三周目剧情始于完成二周目联盟挑战后，需重新调查所有究极之洞。进入究极空间需携带究极异兽，否则无法触发剧情。在未知领域灵塔中，需与琴音进行2V2对战，其队伍包括大竺葵、麒麟奇等精灵。随后前往废墟洞窟捕捉三圣兽（雷公、炎帝、水君），期间需击败克里斯，其阵容为大力鳄、幸福蛋等。塔顶与金的对战是难点，需应对其70级火爆兽、班吉拉斯等六只高等级精灵。
返回究极之洞后进入漩涡列岛，左下方岛屿可收集道具，但需避开右侧瀑布以免误入海岛区域。山洞内与银的对战需注意其玛狃拉、暴鲤龙等强力精灵。最终在洞穴深处需与两名BOSS连续对战，建议选择三只克制系精灵协同作战。击败后可在指定位置捕捉奈克洛兹玛，使用快速球可提高捕获效率。
神奥地区是三周目核心区域，需从水静市乘船前往。道馆挑战采用6选3机制，精灵等级强制调整为50级且禁用神兽。推荐使用风妖精（顺风+红牌）、伊布（Z招式）和鳃鱼龙（讲究头带）的组合。例如对战东瓜时，风妖精开顺风后换土地云，伊布Z招式接棒钢铠鸦可快速清场。黑金市矿区可挖掘化石，交给研究员可合成特定精灵。
暮水镇左侧潜水点需携带吼鲸王（队首）和古空棘鱼（队尾），按盲文提示绕墙或使用碎岩术进入洞穴。集齐丰缘图鉴201只后可领取美录坦。对战开拓区获得银象征后，亚希达会赠送世界锦标赛传票，建议优先挑战对战工厂以获取苍响等强力精灵。
最终阶段需挑战真司并获取创世神碎片，随后触发神奥船票剧情。注意沙奈朵学习瞬间移动可快速返回城镇，苑之镇商店能购买树果提升属性。超魔神光环可重复捕捉伽勒尔形态三圣鸟，需完成前置任务并携带特定道具。
